Sistem Operasi mempunyai file system yang berbeda-beda, pada Sistem Operasi Microsoft Windows sampai saat ini mempunyai tiga file system:
1. FAT 16 (File Allocation Table 16)
Sebenarnya sebelum FAT16, telebih dahulu sistem file di MS-DOS FAT12, tapi karena banyak kekurangan makanya muncul FAT16, FAT16 sendiri sudah dikenalkan oleh MS-DOS pada tahun 1981. Awalnya, sistem ini didesain umtuk mengatur file fi floppy disk, dan sudah mengalami beberapa kali perubahan, sehingga